一樓：巡迴展特展區．會議室

除了常設展之外，教育館一樓配合國立自然科學博物館，提供多樣性巡迴展展品，並針對巡迴展主題，辦理各項研習及相關活動

二樓：貝類展示室

展覽的內容包括「認識貝殼」、腹足綱」、「雙殼綱」、「掘足綱」、「多板綱」、「頭足綱」及「教育活動區」等，一共是七大區的展示，美麗且豐富的貝殼樣式保證讓社會大眾目不暇給。

礦物及化石展示室，陳列花蓮和台東地區礦石化石200餘多件，包括產自海岸山脈的軟玉、台灣藍寶石和總統石等寶石，以原石和雕琢品對照方式，提供遊客認識和了解這些美石在工藝上的應用和價值。